A instalação do TCE, no entanto, se deu oficialmente em 12 de janeiro de 1961. A primeira composição contava com sete ministros: Vicente da Mota Neto (presidente), Oscar Nogueira Fernandes, José Borges Montenegro, Lindalva Torquato Fernandes, Aldo Medeiros, Morton Mariz, Romildo Gurgel e como Procurador Geral do TCE, Múcio Vilar Ribeiro Dantas.
Instalado em meio a uma histórica disputa política no Rio Grande do Norte, o Tribunal de Contas enfrentou sua primeira grande batalha no começo do Governo de Aluízio Alves, quando teve que provar sua constitucionalidade no Supremo Tribunal Federal, sendo vitorioso. Na época, funcionava na rua Campos Sales.
Apesar do embate inicial, o Tribunal de Contas manteve relações amistosas com o Governo, que também contribuiu para a sua consolidação junto á sociedade. O segundo presidente do TCE, Romildo Gurgel, destacou-se como o grande articulador dessa consolidação, conscientizando a classe política da missão do Tribunal de Contas em fiscalizar o bom emprego do dinheiro público do Estado e dos municípios.
Aluízio Alves foi o primeiro governador a ter as suas contas apreciadas pelo TCE. Ainda no seu governo, o Tribunal de Contas ganhou novas instalações físicas e sua segunda sede, localizada na rua Seridó, em frente ao Colégio Sete de Setembro. Ganhou também uma nova formação, aumentando de sete para nove conselheiros, sendo nomeados dois novos membros, o ex-governador José Varela e José Petronilo Fernandes. Alguns anos depois, o TCE retomou a sua composição original, com sete membros.
A conquista por uma sede própria, foi outra batalha histórica vencida pelo Tribunal, instalando-se definitivamente em um prédio pertencente ‘a Assembléia Legislativa, na avenida Getúlio Vargas. O crescimento das atribuições do TCE e do próprio Estado, revelaram a necessidade de construção de novas instalações para o Tribunal.